在Western實驗中，蛋白Marker可以監控蛋白質在SDS-PAGE中的遷移，監控蛋白的轉膜效率，確定蛋白分子量大小。選擇正確的蛋白Marker是westernblot實驗成功的條件之一。蛋白Marker分為兩種：一種是未預染的Marker，即寬分子量蛋白標準，高分子量蛋白標準及低分子量蛋白標準；另一種是預染的Marker，即單色預染和多色預染。